El 20 de febrero de 1811 marcó la última sesión parlamentaria de las Cortes Generales y Extraordinarias de la Monarquía Española en la Isla de León. Presididas por el sacerdote mexicano Antonio Pérez y Martínez Robles, diputado por Puebla de los Angeles, la jornada concluyó con emotivas palabras hacia la ciudad. Tras un rápido traslado, las Cortes se reanudaron en Cádiz cuatro días después, poniendo fin a 332 sesiones iniciadas el 24 de septiembre de 1810. Durante este periodo, se emitieron 38 decretos trascendentales, sentando las bases de la soberanía nacional, la división de poderes y la libertad de imprenta, además de iniciar el proyecto de la futura Constitución.
Como reconocimiento a sus servicios durante la Guerra de la Independencia y por haber albergado las Cortes, la villa de la Real Isla de León fue elevada al título de ciudad de San Fernando el 27 de noviembre de 1813, en honor al Rey Fernando VII.
La elección de la Isla de León como sede no estuvo exenta de polémica. El 9 de septiembre anterior, diputados solicitaron el traslado a Cádiz, argumentando que la Isla era un punto avanzado y expuesto. Una vez instaladas, surgió la necesidad de un traslado a un lugar más seguro, tanto por la cercanía de las tropas francesas como por el temor a la epidemia de fiebre amarilla. El diputado Agustín de Argüelles señaló la imprudencia de mantener las Cortes en la primera línea de defensa.
En la sesión secreta del 6 de octubre de 1810, el diputado extremeño Antonio Oliveros propuso el traslado a la casa de San Felipe Neri en Cádiz, pero solicitó un estudio previo sobre garantías de salubridad. Las opiniones se dividieron, y el diputado García Quintana urgió el traslado, pero no a Cádiz debido a la propagación de la epidemia. El diputado por Cataluña, Ramón Lladós, también propuso el cambio, pero evitando Cádiz por el riesgo de contagio, propuesta que fue rechazada en varias ocasiones.
El diputado catalán Antonio Capmany, el 19 de noviembre, alertó de un inminente peligro de caer en manos enemigas, proponiendo un traslado forzoso a Cádiz. El diputado madrileño José Zorraquín pidió explicaciones sobre sus alarmistas fuentes. El 28 de noviembre, se envió a tres comisionados a Cádiz para preparar la Iglesia de San Felipe Neri. Sin embargo, el diputado por Murcia, Simón López de Or, se opuso por motivos religiosos, considerando el traslado una profanación.
En la sesión secreta del 14 de diciembre, se debatió el posible estrechamiento del cerco de la Isla por el mariscal Soult, y la representación mexicana ofreció trasladar las Cortes al reino de México en caso de necesidad. A principios de enero de 1811, la extrañeza de los embajadores de Inglaterra y Portugal por la permanencia en la Isla de León impulsó la cuestión. El diputado por Cádiz, Andrés Morales de los Ríos, defendió la ciudad, logrando que el traslado a Cádiz se votara a favor por 60 votos contra 42 el 10 de enero.
Se cursó oficio a la Regencia para que dispusiera los alojamientos en la Iglesia de San Felipe. El 20 de febrero, en la última sesión en el Teatro, el diputado por Valencia, P. Joaquín Lorenzo Villanueva, propuso que el recinto se eternizara como memoria de la Patria, sugiriendo adornar su fachada con la inscripción "ESPAÑA LIBRE, 24 SEPTIEMBRE DE 1810" y su custodia por el Departamento de Marina, para erigir posteriormente un templo dedicado a Nuestra Señora.
El diputado por Santa Fe, José Mejía Lequerica, calificó la propuesta de loable, pero matizó la necesidad de saber si el dueño del edificio querría venderlo y si habría medios para comprarlo. El diputado Felipe Aner de Esteve abogó por que el edificio fuera "finca de la Nación", obligando al dueño a venderlo si fuera necesario. Finalmente, el Congreso admitió la proposición a discusión, pero el recinto volvió a ser un teatro. En 1813, durante otra epidemia de fiebre amarilla en Cádiz, las Cortes se reunieron en la Iglesia del Carmen por reticencias del propietario del Teatro. Las gestiones para reivindicar su sentido histórico comenzaron en 1887, siendo declarado Monumento Histórico Artístico el 3 de diciembre de 1935.
